塩こうじ　色が茶色くなってきたけど、大丈夫？

塩こうじの保存環境によって変色することもあります。
みその色が濃くなるのと同様に、アミノ酸の作用で「メイラード反応（褐色反応）」という変化が起こるためです。味には影響ありません。

だいどこログ「塩こうじの作り方」