数量限定商品を買い物カゴに入れておいて、翌日以降に注文送信できますか？

はい、可能です。
ただし、買い物カゴに入れたまま注文送信をせずに注文締切時間を過ぎると、商品はカゴから消えてしまいますので、お気をつけください。